Die Diagnose und Behandlung von Nahrungsmittelunverträglichkeiten erfordert interdisziplinäres Denken und einen ganzheitlichen Ansatz in Diagnostik und Therapie, da der Auslöser zwar die Nahrungsaufnahme ist, jedoch der Mechanismus, über den sich die Symptome zeigen, unterschiedlich ist. Verschiedenste Einflüsse aus einem fehlgeleiteten Immunsystem, wie z.B. gestörte Transportmechanismen im Körper, die individuelle enzymatische Ausstattung, der Abbau von Botenstoffen, die Belastung des Nervensystems und die Vitalität des Magendarmsystems, wirken bei Nahrungsmittelunverträglichkeiten ggf. zusammen.
In der Regel wird ein Facharzt, wie beispielsweise der Allergologe, im Rahmen seiner Disziplin lediglich einen Ausschnitt der möglichen Faktoren betrachten, wenn er nicht ganzheitlich denkt und über die eigene Disziplin hinaus schaut.
In Fachdisziplinen, die sich mit dem Zusammenhang von Ernährung und Leistungsfähigkeit beschäftigen, also etwa die Sportmedizin oder die Endokrinologie, welche generell Störungen des Stoffwechsels betrachten, ist dieses Denken hingegen bei vielen Ärzten längst etabliert.
Vom Ansatz her denkt in gleicher Weise ganzheitlich ebenso der Heilpraktiker, der naturheilkundliche Apotheker, der Fitnesscoach und der Ernährungsberater.